أنشئ قسم المخطوطات عام 1988 بهدف الاهتمام بالثروة العلمية المخطوطة ومصوراتها، وجمعها، والحفاظ عليها، والعمل على نشرها. يعمل قسم المخطوطات على اقتناء نوادر المخطوطات العربية، ويضم القسم خمسة وعشرين ألف مخطوط أصلي، ومصور ورقي، أو على شرائح الميكروفيش والميكروفلم.

يسعى هذه القسم لتحقيق ما يلي:

1 ـ جمع المخطوطات القديمة والنادرة، والمحافظة عليها بوصفها ثروة علمية.

2 ـ فهرسة المخطوطات وتجهيزها كي يستفيد منها الباحثون.

3 ـ تقييم المخطوطات وفحصها للتأكد من أهميتها التاريخية والعلمية والثقافية.

4 ـ التعاون مع خزائن المخطوطات العربية والعالمية لتصوير المخطوطات المهمة.

5 ـ نشر الوعي بأهمية المخطوطات، وخلق جيل يقدر الثروة العلمية للمخطوطات التي خلفها لنا الأجداد، والتي أسهمت في نهضتنا وحضارتنا، بل في نهضة العالم.

نوادر المكتبات:

خصصت دار الكتب أجنحة مستقلة لنوادر المكتبات، يأتي في مقدمتها مكتبة الشيخ فالح آل ثاني التي أهديت إلى صاحب السمو الشيخ زايد بن سلطان آل نهيان رحمه الله، وتضم المكتبة زهاء 6000 عنوان من الكتب العربية والأجنبية، معظمها من الطبعات النادرة والقيمة، و100 عنوان من الصحف والمجلات القديمة، و13 مخطوطة أصلية، وبعض المصورات النادرة.